عنوان فارسی مقاله: |
بررسی روش های رایج همتراز سازی توالی ها: نشانه های افزایش پایایی |
عنوان انگلیسی مقاله: |
Review of Common Sequence Alignment Methods: Clues to Enhance Reliability |
چکیده
1-مقدمه:
2-ماتریس امتیازدهی: مجموعه اصلی پارامترها
1-2: ماتریس دادههای جهش دیهوف
2-2: ماتریسهای BLOSUM
3-2: تخصیص ماتریسها
3- همترازسازی دو به دو
1-3: الگوریتمهای برنامهنویسی پویا
2-3: الگوریتم نیدلمن و وانچ
3-3: الگوریتم اسمیت – واترمن
4-3: ورودی جریمه فاصله: پارامترها یا حاصل خروجی
4-ارزیابی عملکرد
1-4: معیارهای آماری اهمیت همترازسازی
2-4: اطمینان یک معیار ارزیابی تعیینکننده است
3-4: نمونه آزمایشات ارزیابی عملکردهای همترازسازی
5-همترازسازی چندگانه
1-5: روش رایج همترازسازیهای چندگانه
1-1-5: روشهای پیشرونده
برنامه همترازسازی چندگانه (MAP)
همترازسازی چند توالی الگو محور (PIMA)
2-1-5: همترازسازی محلی
2-5: سایر روشهای همترازسازی چندگانه، استفاده از مدلهای پنهان مارکوف، الگوریتم ژنتیکی و آمار بیز
6- دورنما و نتیجهگیری
1-6: اطلاعات بیشتر
2-6: حدود درونیابی و نشانههای عملیاتی
کلمات کلیدی :
Sequence alignment - Wikipediahttps://en.wikipedia.org/wiki/Sequence_alignmentJump to Phylogenetic analysis - Phylogenetics and sequence alignment are closely ... recent common ancestor, while low identity suggests that the divergence is more ancient. ... More statistically accurate methods allow the evolutionary ...Principles and Methods of Sequence Analysis - Sequence - Evolution ...https://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK20261/by EV Koonin - 2003 - Cited by 327 - Related articlesInappropriate use of sequence analysis procedures may result in numerous errors in ... An alignment of homologous protein sequences reveals their common ...MUSCLE: a multiple sequence alignment method with reduced time ...https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC517706/by RC Edgar - 2004 - Cited by 4361 - Related articlesAug 19, 2004 - Many multiple sequence alignment (MSA) algorithms have been proposed; for a recent review, see [1]. ... A common heuristic is to seek a multiple alignment that maximizes the SP score (the summed alignment score of each ...